细菌全基因组鉴定

细菌全基因组鉴定，是指通过基因组测序和组装获得细菌全基因组序列进行细菌鉴定的方法。相较于16S rRNA基因鉴定，全基因组测序组装可对细菌基因组结构和功能进行研究，获得更多遗传信息，可以实现菌株水平的分型、对特定功能基因的进一步分析比较等。

在《中国药典》2020版三部“生物制品生产检定用菌毒种管理及质量控制中”对于细菌性疫苗/病毒性疫苗和重组工程菌/毒种均有提到因进行全基因序列测定，已确认其安全性、稳定性等。

基因组草图：

草图采用小片段建库，深度测序和初步的基因组组装策略，能够得到待测样本的基因组信息，性价比高，能满足细菌基因组研究基本需求。

基因组完成图：

细菌完成图综合利用二代三代测序技术，根据菌株具体信息进行基因组测序组装，最终可以得到无gap的完整基因组序列。

差异菌株分析：

通过CARD，VFDB数据库比对分析，多位点序列分型MLST和核心基因组多位点序列分型cgMLST， 单核苷酸位点SNP分析，泛基因分析，系统进化分析等将菌株间的差异进行展示。

检测流程：