原核(细菌)/真核(动、植物、真菌)转录组测序

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者，蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述，转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带。

细菌转录组测序是在实验中通过去除总RNA的核糖体后进行转录组测序，该实验除了发现基因的差异表达之外，还可以对物种的基因组进行重新的注释，包括鉴定新基因，sRNA(还包括Ribo-switch)，anti-sense RNA，5’UTR，4’UTR,operon等。

1. 测序质量评估分析；

2. 测序结果的随机性分析

3. RNA-Seq生物信息学分析

4. 基因表达及差异分析

5. 差异基因COG/KO/GO富集分析

6. sRNA预测及差异分析

7. UTR预测

8. Operons预测

应用场景（真核生物和原核生物检测方法有差异）：

（1）了解样本基因表达情况。

（2）比较样本之间基因表达水平差异情况。

（3）了解GO和KEGG功能富集情况。

（4）了解样本SNP、InDel等结构水平信息。

常用于不同处理条件、不同处理时间、不同组织部位等基因表达差异研究。