土壤的酸碱度适宜、通气性良好、保水性优良，让微生物获得了非常好的繁殖与生长条件。土壤中的微生物会污染农作物，导致食品原材料被污染。例如，酿造辣椒醅时，从属水平来看，44%–59%的混合醅细菌来源于辣椒醅，42%–77% 的混合醅真菌来源于辣椒醅。辣椒醅是混合醅发酵过程最主要的微生物来源。所以需要严格控制原料入厂时的微生物数量。对辅料中微生物的检测也至关重要，严格控制微生物数量，禁用微生物超标的辅料。

在制作腐乳的过程中，冬季白坯车间菌落总数为4.48 lg（CFU/m3 ），白坯造型工序工人的手表面检出大肠菌群，需加强加工设备与器具的清洁消毒工作及工人的个人卫生监管。确定了大豆、生产用水、白坯、前酵和灌汤为影响低盐腐乳微生物产生的关键工序。由于暴露在白坯车间中和工作人员流动频繁，大豆和白坯真菌检出较多。

豆腐坯制作中有原料清水和洗涤污水的交叉污染、人工操作或设备带来污染的危险因素, 半敞开环境中的前期培菌和后期发酵, 空气中的杂菌如酵母菌、嗜温性芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌等是主要的隐患, 腌坯时如果盐浓度不够也容易造成腐败菌滋生, 导致食品安全问题发生。

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出厂前的牛肉，其菌落总数高达4.8 lg(CFU/g) 主要携带约氏不动杆菌、巨型解酪球菌以及葡萄球菌，这些污染菌主要来源于牛毛皮以及去头蹄、分割工序中工人手或手套、工具、传送带。

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发酵食品中的微生物主要集中在原材料、生产用水、生产设备、工艺流程和工作人员等方面，需要注意有连通的车间之间由于人员流动、物品传输、空气流动存在一定的交叉污染。

药典指导原则和行业指南中要求或建议在微生物检验中增加环境分离菌（包括生产检验过程中人员、环境以及样品中分离菌）。与标准菌株相比，环境分离菌更能够反映样品或环境实际存在微生物的情况，使检验结果能够对产品质量或环境做出更客观和科学的评价。例如从无菌药品生产环境中微生物检出频次看，检出频次较高的检出菌株主要为人体皮肤上的微生物，如葡萄球菌属、微球菌属等，按表型归类为革兰氏阳性球菌的类群，采用生化鉴定和16S rDNA测序技术，发现生产环境细菌性微生物污染以人源性葡萄球菌属细菌为主。由于人体为最大的污染源，因此，规范进入洁净区的人员行为规范和科学合理的清洁消毒程序，将有助于减少由人员导致的微生物污染。

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正常运行的制药行业洁净区主要污染来源有四种途径：人、空气、表面及水。在制药工业中最常见的微生物群落很难找到确切的来源。葡萄球菌属和微球菌属等革兰氏阳性球菌，主要来源于实验室操作人员，可能是与人员皮肤脱落片状物有关。芽孢杆菌属广泛分布于土壤中，这些微生物可能由灰尘、物料、人员转移至制药企业洁净室。不动杆菌属、假单胞菌属等革兰氏阴性杆菌，可能是通过使用纯化水进行日常清洁的过程中引入。假单胞菌属条件致病微生物，容易分散附着于潮湿表面，形成生物膜，干扰工业环境清洁消毒程序的进行，该类微生物的污染，需质量控制管理人员寻找合适有效的消毒方法。

随着人民生活水平的提高、化妆品使用的普及，面部皮炎的发病率逐年上升。面部皮炎不仅危害患者的身体健康，更影响患者的心理健康。化妆品容易受到微生物污染，主要是大部分化妆品有效水分含量高，能给微生物生长提供水分，水分活度是比水分含量更重要的参数，产品中微生物可利用水的量度是影响微生物生长的关键因素之一。

洗衣液中的优势菌群主要是革兰氏阴性菌，革兰氏阳性菌和真菌较少。其中革兰氏阴性杆菌包括色杆菌属、假单胞菌属、黄杆菌属、黄单胞菌属、不动细菌属、肠细菌属、埃希氏菌属、克雷伯氏菌属。而空气中的微生物数量较大，生产设备内表面微生物数量少于外表面，生产操作人员的皮肤、手、毛发等均带有大量的微生物，生产操作人员体表携带的微生物也是影响产品卫生状况的关键因素之一，是洗衣液产品生产中不容忽视的污染源。

日常生活产品中常见的微生物来源主要集中在原材料、生产用水、生产设备、工艺流程和工作人员等方面，这些高风险行为则是引发上市产品微生物污染的主要原因。因此，微生物污染风险评价与控制应该得到企业的足够重视，特别是对于标准要求之外的潜在污染微生物，要进行充分的研判，必要时增加控制项目，收紧限度要求，尽可能消除其对产品质量的影响。