全基因组数据为病原体鉴定和菌株分型提供了更详细、更精确的信息,在食品安全或临床目的中发挥着越来越重要的作用。可用的微生物基因组数据正在迅速增长,但在应用之前存在一些挑战,包括公共可用基因组数据中的物种标签错误或污染,缺乏未知基因组的抗生素或毒力因子分析的物种背景,以及病原体追踪的分型方案。
PBGdango为准确的细菌鉴定和系统发育分析提供了一个精心策划的类型物种参考基因组数据库,我们目前校正了六种食源性病原体副溶血性弧菌、单核细胞增多性李斯特菌、肠炎沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌和艰难梭菌的基因组。PBGdango旨在帮助追踪病原体,从原材料或环境到最终产品,再到患者。数据页面显示了六种病原体的基因组信息,包括基因组的序列信息、序列类型的分布以及该毒株在世界上的采集地。在分析页面,用户可以上传FASTA序列文件来分析基因组序列,包括物种识别、SNP调用、绘制最小生成树、系统发育树分析、寻找基因组之间的亲缘关系和追踪病原菌的起源,并在分析任务完成后发送完整的报告。